Después de celebrar su victoria contra Al-Thamen, Aladino y sus amigos abandonan la tierra de Sindria. Con el final de la batalla, sin embargo, llega el momento de que cada uno de ellos siga su propio camino. A Hakuryuuu y Kougyoku se les ordena regresar a su país natal, el Imperio Kou. Mientras tanto, Aladino anuncia que necesita dirigirse a Magnostadt-un misterioso país gobernado por magos- para investigar los misteriosos acontecimientos que ocurren en este nuevo reino y volverse más experto en magia. Por su parte, animados por las palabras de Aladino, Alibaba y Morgiana también salieron en busca de sus propios objetivos: entrenar e ir a su patria, respectivamente. Magos: El Reino de la Magia sigue a estos amigos en sus aventuras separadas, cada uno enfrentando sus propios desafíos. Sin embargo, una nueva amenaza comienza a surgir como una gran guerra se cierne sobre el horizonte....