La larga guerra entre el planeta Tierra y los hombres máquina ha terminado finalmente, resultando en una paz que es más una victoria para los hombres máquina que para la Tierra. Warrius Zero perdió a su familia en la guerra a manos de los hombres máquina, pero a pesar de ello sigue siendo un miembro de la flota de la Tierra que ahora está trabajando en concierto con los hombres máquina. Su barco, formado tanto por humanos como por hombres-máquina, tiene una tarea casi imposible: capturar al pirata espacial Capitán Harlock. Mientras Zero lucha por cumplir esta tarea, la evidencia comienza a emerger que la paz entre los hombres máquina y la Tierra puede no ser lo que parece....